يكي از مهمترين بخش‌ها در اكتشاف مواد معدني فلزي حفاري اكتشافي ميباشد. حفاري در معادن مختلف به‌ خصوص معادن فلزي اطلاعات با ارزشي جهت بررسي امتداد كانهزايي در جهات مختلف و نیز گسترش عمقی آن را در اختيار كارشناسان زمينشناسی و اكتشاف قرار ميدهد. گذشته از آن با آناليز مغزه‌هاي حاصل از حفاری، مي‌توان ارزيابي مناسبی از ذخيره قابل دسترسي در عمق و شكل توده معدني به‌ دست آورد. به‌ طور کلی حفاری‌های اکتشافی معادن مشتمل بر دو نوع حفاری سطحی و حفاری عمقی می‌باشد. حفاری سطحی به‌ صورت حفر ترانشه و کانال نمود پیدا می‌کند؛ درحالیکه حفاری اکتشافی عمقی به دو صورت حفاری اکتشافی غیر مغزه گیری (non-core drilling) یا حفاری پودری و حفاری اکتشافی مغزه گیری (Core drilling) قابل انجام است كه نوع دوم قابل اعتمادتر بوده و اطلاعات با ارزشي در اختيار قرار ميدهد. در معادن علاوه بر اكتشاف، از حفاري در استخراج نیز استفاده ميشود.  با توجه به بالا بودن هزینه‌های حفاری اکتشافی خصوصا مغزه گيري و برخی مشکلات فنی بهتر است قبل از شروع حفاري اطلاعاتي چون نقشه‌هاي زمينشناسي و توپوگرافي منطقه، داده‌هاي ژئوفيزيكي، داده‌های ژئوشیمیایی و نیز داده‌های سنجش از دور مورد بررسي دقيق قرار گيرد و بر اساس آنها شبكه حفاري مغزه گيري طراحي گردد.